NanoType

NanoTYPE™ - Oxford Nanopore Technologies (ONT) úshinshi býyn sekvenırleý tehnologıasyn qoldanatyn HLA terý taldaýy. Jınaqta úlgini kúsheıtý úshin barlyq qajetti reagentter bar jáne bizdiń arnaıy nanotyper™genotıpteý baǵdarlamalyq quralymen birge keledi. Jınaq ONT-ten shtrıh-kodtaý kitaphanasyn jyldam daıyndaýmen biriktirýge arnalǵan.

Barlyq 11 lokýs (HLA-A, B, C, DQA1, DQB1, DPA1, DPB1, DRB1 jáne DRB345) bir uzaq qashyqtyqtaǵy mýltıpleksti PTR arqyly kúsheıtiledi. Paıdalanýshy bir úlgini shuǵyl terý úshin nemese birneshe úlgi úshin 2 túrli hattamanyń birin tańdaı alady.

Qarapaıym jumys prosesi, jyldam jumys ýaqyty, uzaq oqý jáne qurylǵyǵa kúrdeli salymdardyń bolmaýy ony zerthanada tamasha negizgi nemese qosymsha ádiske aınaldyrady.

Nanoporaǵa negizdelgen terý:

Oxford nanopore dál molekýlalyq taldaýdy oryndaý úshin joǵary tehnologıalyq elektronıkaǵa endirilgen nanoporalardy qoldanatyn sensorlyq tehnologıanyń jańa býynyn ázirledi. DNQ fragmenti nanoporaǵa túskende, árbir DNQ negizi belgili bir qoltańbasy bar elektr órisin buzady jáne ony bir molekýlanyń detektory retinde paıdalanýǵa bolady. Elektrlik sıgnaldyń dekonvolúsıasy basecaller kómegimen júzege asyrylady, ol elektr sıgnalyn FASTQ Shyǵys formatymen DNQ tizbegine aınaldyrady. Sodan keıin bul fastq faıly genotıpteý úshin NanoTYPER baǵdarlamalyq quralyna ımporttalady. Nanopora sekvenırleýiniń basty artyqshylyqtarynyń biri-uzaq oqý, tipti bir-birinen alystatylǵan SNP fazalaryn jeńildetedi, nátıjesinde túsiniksizdikter azaıady.